Հենրիկ Մխիթարյանը ծնվել է 1989 թվականին հունվարի 21-ին, Երևանում՝ ֆուտբոլիստի ընտանիքում։ 1990 թվականին ընտանիքով տեղափոխվել են Ֆրանսիա, որտեղ էլ խաղում էր հայրը՝ Համլետ Մխիթարյանը։
Հայրն անվանի ֆուտբոլիստ էր։Ցավոք սրտի, հայրը Ֆրանսիայում մահանում է, որից հետո նրանք ընտանիքով հետ են վերադառնում Երևան, որտեղ էլ սկսում է զբաղվել ֆուտբոլով՝ «Փյունիկ»-ում։
14 տարեկանում մեկնում է չորսամսյա փորձաշրջանի Բրազիլիայի ակումբներից մեկում, որտեղ ծանոթանում է այնպիսի ֆուտբոլիստների հետ, ինչպիսիք են Լուկասը, Օսկարը, Դենիլսոնը և այլք։ Մխիթարյանն իր առաջին գոլը իրականացրեց սեպտեմբերին՝ 2006 թվականին։ Հետագայում նրանով հետաքրքվեցին լավագույն ակումբների տնօրենները և հայ ֆուտբոլիստը հասավ փառքի գագաթնակետին՝ խաղալով լավագույն ակումբներում։
Այնպիսի ակումբներում, ինչպիսիք են «Ռոմա», «Արսենալ», «Մանչեստր Յունայթեդ», «Բորուսսիա» և այլն։ Հենրիկ Մխիթարյանի հայրը եղել է Երևանյան «Արարատ»-ի ավագ խաղացողը։ Մխիթարյանը տիրապետում է մի քանի լեզուների՝ հայերեն, անգլերեն, ֆրաանսերեն, ռուսերեն, պորտուգալերեն, գերմաներեն, իտալերեն։
Պարգևատրվել է «Հայրենիքին մատուցած ծառայությունների համար» շքանշանով։ Ամուսնացած է։ 2020 թ․ մարտի չորսին ծնվեց նրա որդին՝ Համլետը։
